建模控件¶

POSCAR控件¶

读取POSCAR、cif、xsf和xyz等格式的文件。

Input	Output
None	Structure: pymatgen class

参数配置：主要用来加载并展示原子结构信息，双击图标打开参数配置

Open                                   打开并加载文件

Reload                                 重新载入文件

Info                                   展示原子结构信息

Apply automatically                    勾选状态下可以自动将控件的输出传入下一控件，取消勾选可以手动点击apply传输，默认勾选

Builder控件¶

可构建晶界，掺杂，空位等复杂模型。支持寻找晶界、构建晶界、间隙掺杂、空位掺杂、取代原子掺杂和指定任意位置掺杂等多种方式。

Input	Output
Structure	Structure	Build Structures

Note

下面的参数配置中，带 * 号为必填项，不带 * 号为选填项。

4.1.2.1 Find Grain Boundary：查找晶界¶

Rotation axis*                         指定两个晶粒之间的旋转轴，如 0 0 1

Maximum Σ*                             最大拟合自由度

find                                   点击查找满足指定条件的晶界

Information                            展示晶界结构信息

Build Grain Boundary：构建晶界¶

Choose File*                           选择初始结构

Rotation axis*                         两个晶粒的共同旋转轴，如 0 0 1

Σ*                                     拟合自由度，如 5

GB plane*                              晶界取向，如 1 2 0

Grain A size(u. c.)                    晶粒A的尺寸

Grain B size(u. c.)                    晶粒B的尺寸

Delete layer                           删除每个晶粒两侧的表面层。必须输入8个字符。前4个字符针对晶粒A，后四个字符针对晶粒B。‘b’表示底层，‘t’表示顶层。整数表示要删除的层的数量。默认为：0b0t0b0t，表示没有要删除的层。

Vacuum size(Å)                         设置晶界的真空层厚度（适用于采用平板模型的晶界）

Extra IF distance(Å)                   在两个晶粒的界面间添加额外的距离

Tolerance factor(Å)                    决定两个原子是否位于同一平面的公差因子

primitive GB                           是否获得晶界的原始结构

Output format                          选择输出格式

Build                                  构建晶界

Information                            展示构建的晶界结构信息

Build vacancy：构建空位¶

Choose File*                           选择初始结构

Scaling matrix*                        缩放矩阵，用于构建超胞。选项包括：1位整数，表示3个方向同时扩大相应倍数；3位矢量，表示3个方向分别扩大相应倍数；9位矩阵，表示以矩阵方式扩大相应倍数

Summary                                给出建立空位的所有相关信息

Output format                          选择输出格式

Build                                  构建空位

Information                            展示构建的空位结构信息

Build Substitution：构建置换原子¶

Element*                               选择要置换的元素

Choose File*                           选择初始结构

Scaling matrix*                        缩放矩阵，用于构建超胞。选项包括：1位整数，表示3个方向同时扩大相应倍数；3位矢量，表示3个方向分别扩大相应倍数；9位矩阵，表示以矩阵方式扩大相应倍数

Summary                                给出建立置换原子结构的所有相关信息

Output format                          选择输出格式

Build                                  构建置换原子

Information                            展示构建的置换原子结构信息

Build Interstitution：构建间隙原子¶

Element*                               选择要插入间隙的元素

Choose File*                           选择初始结构

Scaling matrix*                        缩放矩阵，用于构建超胞。选项包括：1位整数，表示3个方向同时扩大相应倍数；3位矢量，表示3个方向分别扩大相应倍数；9位矩阵，表示以矩阵方式扩大相应倍数

Summary                                给出建立间隙原子结构的所有相关信息

Output format                          选择输出格式

Build                                  构建间隙原子

Information                            展示构建的间隙原子结构信息

Build Doping：构建掺杂¶

Element*                               选择要掺杂的元素

Choose File*                           选择初始结构

Add*                                   选择掺杂原子的坐标，默认为分数坐标

cartesian coordinate                   勾选表示选择笛卡尔坐标

validate proximity                     勾选表示检查掺杂原子位置是否与已有原子重叠

Output format                          选择输出格式

Build                                  构建间隙原子

Information                            展示构建的间隙原子结构信息

Send data：将建好的结构信息传递至下一控件¶

Multi POSCAR控件¶

读取多个POSCAR、cif、xsf和xyz等格式的文件。

Input	Output
None	Structure: pymatgen class	Many Structures

参数配置：主要用来加载并展示多个原子结构信息，双击图标打开参数配置

Open                                   打开并加载多个文件。下拉框可选择指定的POSCAR文件进行查看

Reload                                 重新载入文件

Info                                   展示原子结构信息

Apply automatically                    勾选状态下可以自动将控件的输出传入下一控件，取消勾选可以手动点击apply传输，默认勾选

Finder控件¶

在数据库中查找指定元素的所有可能结构，并生成相应的结构文件。

Input	Output
None	Data

Sever info（服务器信息）:

Sever                                  需要连接的服务器地址

Port                                   服务器端口号

Database                               数据库

collection                             MongoDB集合

Username                               用户名

Password                               密码

Refresh DB                             刷新数据库

Structures path                        本地结构文件路径

Send data                              发送以上数据

Search（查找需要的结构）:

    点击元素周期表中的元素，可查找包含或不包含相应元素的结构，通过Setup控制

Setup                                  包含四个选项，分别为And，And Not，Or，Or Not

Query Method                           查询方法，包括化学符号，化学式，正则表达式

Query Input                            展示输入的查询条件

Clear                                  清空所有查询条件

Search                                 查找满足条件的结构

Results                                展示所有满足条件的结构的信息，双击需要查看的结果可在vesta等可视化软件中查看

Finder（发送数据）:

Auto-run                               勾选状态下可以自动将控件的输出传入下一控件，取消勾选可以手动点击Get finder传输，默认勾选

HT Preprocessor控件¶

高通量预处理控件，该控件类似于一个结构容器。所有生成的结构必须传输到此控件，才能进行下一步计算。

Input			Output
Structure	Many Structures	Table	Data

参数配置:

显示传入的结构文件基本信息

Auto-Run                               勾选状态下可以自动将控件的输出传入下一控件，取消勾选可以手动点击Send data传输，默认勾选

Data Table控件¶

以表格的形式(类似于Excel)展示数据集。

Input	Output
Data	Data	Selected Data

参数配置:

Info                                                 显示传入数据相关信息

Variables --> Show variable labels（if present）     勾选表示，如果存在变量标签则显示
Variables --> Visualize numeric values               勾选表示可视化数值
Variables --> Color by instance classes              勾选表示按实例类显示颜色

Selection --> Select full rows                       勾选表示每次选择一整行

Restore Original Order                               恢复原始顺序

Send Automatically                                   勾选状态下可以自动将控件的输出传入下一控件，取消勾选可以手动点击Send Automatically传输，默认勾选

File控件¶

从输入文件或者网络中读取数据，并输出一个数据表格。

Input	Output
None	Data

参数配置:

File                                   打开并加载文件

Reload                                 重新载入文件

URL                                    输入网络文件的网址

Info                                   显示文件相关信息

Columns（Double click to edit）        柱状显示数据信息，双击可编辑

Browse documentation datasets          浏览文档数据集

Data Info控件¶

展示数据集的基本信息，例如每一列中变量的数量和类型，有多少行等等。

Input	Output
Data	None

参数配置:

Data Set Name                          数据集名称

Data Set Size                          数据集大小

Features                               数据集特征

Targets

Meta Attributes                        元属性

Location                               数据集存储位置

Data Attributes                        数据属性

LDA-1/2控件¶

生成特殊的LDA-1/2势函数。

Input	Output
file path	file path

LDA-1/2计算可以选择以下三种计算方法：

LDA-1/2

shLDA-1/2r_in

shLDA-1/2r_out

参数配置:

Element                                选择元素

Strip                                  设置自能势修正值

Power Index                            设置幂指数

Fix outer cutoff radius                固定外截止半径

Scan inner cutoff radius               扫描内截止半径

XC                                     所选的杂化泛函

Open File                              选择上传POTCAR文件

Calculate                              计算上传的POTCAR

Information                            LDA-1/2计算方法的相关介绍

Reference                              计算方法的参考文献

Send data                              全部设置完成后点击Send data传送数据

POTCAR控件¶

选择所需的POTCAR文件。

Input	Output
file path	file path

参数配置:

Open                                   打开并加载文件

Reload                                 重新载入文件

Info                                   展示POTCAR文件信息

Apply automatically                    勾选状态下可以自动将控件的输出传入下一控件，取消勾选可以手动点击apply传输，默认勾选

1 to 4控件¶

输入二元材料AB的cif格式文件，输出AA，AB，BA，BB，4个POSCAR文件。

Input	Output
file path	list:many structures

参数配置:

Open                                   打开并加载文件

Reload                                 重新载入文件

Info                                   展示生成的4个POSCAR文件信息

Apply automatically                    勾选状态下可以自动将控件的输出传入下一控件，取消勾选可以手动点击apply传输，默认勾选